Insediamenti preistorici sono stati accertati dall’archeologia, già a partire dall’XI secolo a.C. – X secolo a.C., topograficamente in corrispondenza dell’odierno centro di Padova. La leggenda narra che la fondazione di Padova sia avvenuta nel 1132 a.C. per opera di Antenore, un principe troiano scampato alla distruzione di Troia; ma è noto come tale leggenda tragga forse origine da un falso storico, opera di Tito Livio, per assimilare la propria città a Roma.
Rappresentando uno dei principali centri della cultura paleoveneta, l’antica Padova sorse all’interno di un’ansa del fiume Brenta (durante l’antichità chiamato Medoacus Major) che allora (probabilmente fino al 589) scorreva nell’alveo dell’odierno Bacchiglione (al tempo denominato Medoacus Minor o Edrone), entrando in città nei pressi della attuale Specola.
Già a partire dal 226 a.C. gli antichi patavini strinsero un’alleanza con Roma contro i Galli Cisalpini, alleanza poi confermata più volte, in particolare al tempo della Battaglia di Canne (216 a.C.) e della guerra sociale (91 a.C.), quando Padova e altre città transpadane combatterono al fianco dei romani. Dal 49 a.C. divenne un municipium romano, e in età augustea entrò a far parte della X Regio, della quale costituiva uno dei centri più importanti. Durante l’epoca imperiale la città divenne molto ricca grazie alla lavorazione delle lane provenienti dai pascoli dell’altipiano di Asiago. Dalla città passavano (o partivano) numerose strade che la congiungevano con i principali centri romani dell’epoca: la via Annia che la congiungeva con Adria e Aquileia, la via Medoaci che portava alla Valsugana e all’altipiano di Asiago, la via Astacus che la congiungeva con Vicentia, la via Aurelia che portava ad Asolo, la via Aponense che la collegava ai centri termali dei Colli Euganei. Sia a nord che a sud della città vi erano estese centuriazioni. In epoca romana, Padova fu patria di Tito Livio, insigne storico romano (nello stesso periodo, diede pure i natali ai letterati: Gaio Valerio Flacco, Quinto Asconio Pediano, Trasea Peto, di cui vi è ancora ricordo nella toponomastica cittadina).
Nel periodo delle invasioni barbariche fu più volte devastata, prima dagli Unni nel 452-453, poi nel 601 dai Longobardi di Agilulfo, e infine dagli Ungari nell’899.
Nel Basso Medioevo Padova si distinse come Libero comune, partecipando alla Lega Veronese e alla Lega Lombarda contro l’imperatore Federico Barbarossa. A questo periodo risale la fondazione dell’Università (1222), una delle più antiche d’Italia. Fu poi dominata, a partire dal 1318, dalla signoria dei Carraresi, fino alla conquista, avvenuta nel 1405, da parte della Repubblica di Venezia.
Nei successivi quattro secoli Padova, pur perdendo importanza politica, poté godere della pace e della prosperità assicurata dalla signoria veneziana, e della libertà grazie alla sua Università, che richiamò studenti ed insegnanti da tutta Europa, divenendo uno dei maggiori centri dell’aristotelismo e attirando numerosi ed illustri intellettuali, come Galileo Galilei. Nel 1509, durante la guerra della Lega di Cambrai, Padova dovette subire un terribile assedio, che fu però respinto. Dopo lo scampato pericolo, la Serenissima procedette ad opere di fortificazione, dando alla cinta muraria l’aspetto attuale.
Caduta la Serenissima (1797), la città fu ceduta da Napoleone Bonaparte all’Austria. Dopo una breve parentesi all’interno del Regno d’Italia napoleonico, entrò a far parte nel 1815 del Regno Lombardo-Veneto asburgico. L’8 febbraio 1848 vide un’insurrezione contro il dominio austriaco, guidata in particolare dagli studenti universitari. Padova entrò a far parte del Regno d’Italia solo nel 1866, in seguito alla terza guerra di indipendenza.
Nel corso della prima guerra mondiale, la città era il quartier generale delle forze militari italiane. Merita un cenno il fatto che l’ardimentosa (e pacifica) impresa del Volo su Vienna, di dannunziana memoria, prese le mosse dalle vicinanze di Padova (Castello di San Pelagio in comune di Due Carrare, 9 agosto 1918). Nei pressi della città, a Battaglia Terme il castello di Lispida fu adibito a residenza del re Vittorio Emanuele III. A Villa Giusti (in località Mandria di Padova) fu firmato l’armistizio che pose termine al conflitto.
Nella seconda guerra mondiale Padova fu un importante centro della resistenza contro il nazifascismo. Numerosi studenti e insegnanti universitari parteciparono alla lotta partigiana, a cominciare dallo stesso rettore Concetto Marchesi. Per questo motivo l’Università degli Studi di Padova fu premiata (unica università italiana a ricevere tale onorificenza) con la medaglia d’oro al Valor Militare.
Gli anni dal dopoguerra ad oggi furono per Padova di continuo sviluppo edilizio ed economico grazie anche alla collocazione geografica, al centro di importanti vie di comunicazione favorevoli per industrie e servizi. La crisi sociale e politica degli anni settanta vide però il polarizzarsi delle tensioni in vicende spesso collegate all’estremismo di frange della comunità studentesca della città. Padova infatti fu la città dove organizzazioni come Potere Operaio e Autonomia Operaia furono più forti, insieme a Roma e Bologna. Questi movimenti a forte componente studentesca nacquero sotto l’egida di insigni professori della facoltà di Scienze politiche quali Antonio Negri. Inoltre proprio a Padova le Brigate Rosse misero a segno il loro primo delitto rivendicato con l’attacco alla sede dell’MSI nel 1974. A Padova agirono anche organizzazioni eversive neofasciste come Ordine Nuovo e probabilmente ebbe numerosi legami con questa città anche l’organizzazione Rosa dei venti.
La città oggi sta vivendo importanti cambiamenti urbanistici, con la costruzione di nuovi moderni edifici direzionali e residenziali e con un profondo rinnovo della viabilità cittadina, articolatasi negli ultimi anni intorno alla complessa realizzazione del metrobus, tuttora in corso.